Бинарный тест что это такое
Чем отличается ПЦР от антител на КОВИД тест?
В современной ситуации, когда весь мир живет в условиях пандемии, качественные исследования инфекционного процесса играют особую роль. Разобравшись, чем отличается тест ПЦР от антител на КОВИД, удастся облегчить диагностику коронавирусной инфекции, избежать лишних финансовых трат на несвоевременные или недостоверные обследования.
Прямым методом выявления вируса SARS-CoV-2, когда возбудитель инфекции обнаруживается путем выявления его РНК в мазке со слизистой носоглотки или ротоглотки, является полимеразная цепная реакция (ПЦР). Это единственная методика, позволяющая идентифицировать вирус. В то же время, ответную реакцию иммунной системы на вторжение инфекционного агента, антитела на КОВИД, удастся определить методом иммуноферментного анализа (ИФА). Материалом для изучения в таком анализе является венозная кровь пациента, при упрощенном варианте – капиллярная кровь.
Что такое ПЦР-тест, и для чего его сдают
ПЦР – это тест, позволяющий определить или исключить наличие конкретной инфекции у пациента, то есть исследование представляет собой этиологическую диагностику патогенного возбудителя. В случае коронавируса анализ обладает высокой чувствительностью даже на самых ранних стадиях инфекционного процесса, когда признаки заболевания полностью отсутствуют. Подтвердить патогенного агента удастся и при бессимптомном течении заболевания.
Сроки проведения исследования несколько варьируют, в зависимости от выбранной тест-системы. Обычно постановка и учет результатов занимает несколько дней. При этом в заключении будет лишь указано, выявлен возбудитель или нет. Определить стадию и наличие антител, которые свидетельствуют о том, что человек уже переболел COVID-19, уточнить не удастся.
Основные проблемы, с которыми сталкиваются врачи на этом этапе – достоверность анализа, возможность получения ложноотрицательных результатов. Развитие технологии идет по пути повышения чувствительности исследования, минимальной концентрации РНК вируса в исследуемом образце, которую способна обнаружить тест-система. Хотя в этом направлении за последние месяцы отмечается явный прогресс, и большинство тест-систем характеризуются высокими показателями чувствительности, она не достигает 100%. По мнению специалистов, причина ложноотрицательных результатов может быть и в некорректном заборе материала для исследования.
Именно поэтому результат теста имеет диагностическую значимость в совокупности с другими данными, клиническими признаками, эпидемиологическим анамнезом, результатами рентгенологической диагностики или компьютерной томографии. Если при отрицательном результате подозрение на коронавирусную инфекцию сохраняются, врач назначает повторное обследование.
ПЦР-диагностика рекомендована таким категориям населения:
Тест на антитела к COVID-19
При вторжении в организм патогенного агента иммунная система начинает вырабатывать специфические белки-иммуноглобулины (Ig), способные запомнить и нейтрализовать этот микроорганизм. Таким образом, повторная встреча с данным возбудителем будет неопасна. Организм быстро его инактивирует.
При проведении диагностики COVID-19 важными являются два типа антител IgM и IgG. IgM обнаруживаются в анализе на 7-10 день после инфицирования (с 5-го дня появления клинических признаков заболевания) и остаются в организме до двух месяцев. Поскольку иммуноглобулины начинают вырабатываться не с первого дня инфицирования, то и тест на антитела сначала может быть отрицательным, ведь исследование может проводиться в период, когда организм еще не успел сформировать иммунный ответ. Логично обнаружить IgM в разгар заболевания и сразу после регресса симптоматики.
IgG вырабатываются позже, примерно с 21-28 дня от момента заражения, и сохраняются в организме более продолжительное время, в течение нескольких месяцев или лет. Следовательно, обнаружить их удастся только на стадии выздоровления или в более поздние сроки. По наличию и уровню IgG в крови можно судить, как о факте перенесенной инфекции в прошлом, так и определить наличие специфического иммунитета к данному возбудителю. 
Какой способ диагностики лучше?
Учитывая, чем отличается ПЦР от антител на КОВИД, разницу в данных исследованиях, нельзя однозначно определить, какой способ диагностики является предпочтительным. При наличии контакта с заболевшим человеком или инфицированным, а также в случае наличия симптомов, укладывающихся в картину коронавируса, рекомендуется ПЦР-диагностика. Она занимает больше времени, но позволит получить достаточно достоверные данные о наличии инфекционного возбудителя в организме.
Если же требуется уточнить, переболели ли Вы уже COVID-19, рекомендована ИФА-диагностика для определения уровня антител. Анализ окажется информативным, если заболевание проходило даже в бессимптомной форме.
Отзывы
«Вероятность обнаружить вирус снижается». Когда нужно сдавать ПЦР-тест
В Роспотребнадзоре объяснили ложноотрицательные ПЦР-тесты при COVID-19
Ложноотрицательный результат теста на коронавирус может происходить из-за того, что инфицированный человек сдает анализ на поздних стадиях болезни. Такое мнение выразили в Роспотребнадзоре. Там подчеркнули, что вырастает шанс получить такой результат у больного COVID-19 после четвертого-пятого дня болезни.
При заражении COVID-19 у больного отсутствуют специфические признаки, которые характерны только для этой инфекции. Наиболее часто заразившийся сталкивается с респираторными симптомами, что может говорить не только о коронавирусе, но и ряде других заболеваний, включая грипп и ОРВИ.
По этой причине единственным способом диагностики коронавируса остается ПЦР-тестирование. Впрочем, в довольно большой доле случаев они оказываются недостоверными, о чем еще год назад говорили специалисты Минздрава, указывая на то, что 30-40% тестов дают ложноотрицательный результат. В частности, тогда считалось, что в большей части случаев на это влияют ошибки при заборе материала и качество самого теста.
Тем не менее существует и другое обоснование. По словам заместителя директора по клинико-аналитической работе ЦНИИ эпидемиологии Роспотребнадзора профессора Натальи Пшеничной, на результате анализа сказывается период заболевания, в который заболевший сдает ПЦР-тест. На ранних стадиях болезни получить положительный результат значительно выше.
«После четвертого-пятого дня болезни вероятность обнаружить вирус в носоглотке снижается, а респираторные симптомы могут быть в это время в самом разгаре. Если проводить тестирование в эти сроки, то можно получить отрицательный результат», — приводит слова специалиста РИА «Новости».
Общую картину по тестированию на COVID-19 также дополняет тот факт, что среди новых заболевших появляются и вакцинированные люди, но они при этом выделяют вирус в меньшем количестве и не такое продолжительное время, констатировала замдиректора Московского научно-исследовательского института эпидемиологии и микробиологии имени Г. Н. Габричевского Татьяна Руженцова.
Однако сомнительный или ложный результат может давать любая тестовая система. Эксперты неоднократно выражали мнение, что ложные результаты на коронавирус связаны связаны как с ошибками медработников, так и пациентов. Иными словами, речь идет о несоблюдении правил и рекомендаций по тестированию.
Еще одну версию выдвигал директор Института медицинской паразитологии, тропических и трансмиссивных заболеваний Сеченовского университета Александр Лукашев. Газете «Известия» он рассказывал, что COVID-19 — специфический вирус в том плане, что его можно не обнаружить в доступном биоматериале. Если другие коронавирусы размножаются в носоглотке и ротоглотке, где их можно легко найти, то SARS-CoV-2 у значительной части больных присутствует только в бронхах.
Согласно данным Всемирной организации здравоохранения, точность ПЦР-тестов на коронавирус, несмотря на их неоднозначную оценку, составляет 95%.
Вместе с этим в ВОЗ подчеркивают, что на результаты тестирования влияет очень много факторов. Это касается и процесса забора материала, и транспортировки, и хранения биоматериалов. Важно и то, правильно ли подготовлен пациент к сдаче анализа и проверена ли тест-система в конкретной лаборатории.
NAME] => URL исходной статьи [
Ссылка на публикацию: rambler.ru
Код вставки на сайт
«Вероятность обнаружить вирус снижается». Когда нужно сдавать ПЦР-тест
В Роспотребнадзоре объяснили ложноотрицательные ПЦР-тесты при COVID-19
Ложноотрицательный результат теста на коронавирус может происходить из-за того, что инфицированный человек сдает анализ на поздних стадиях болезни. Такое мнение выразили в Роспотребнадзоре. Там подчеркнули, что вырастает шанс получить такой результат у больного COVID-19 после четвертого-пятого дня болезни.
При заражении COVID-19 у больного отсутствуют специфические признаки, которые характерны только для этой инфекции. Наиболее часто заразившийся сталкивается с респираторными симптомами, что может говорить не только о коронавирусе, но и ряде других заболеваний, включая грипп и ОРВИ.
По этой причине единственным способом диагностики коронавируса остается ПЦР-тестирование. Впрочем, в довольно большой доле случаев они оказываются недостоверными, о чем еще год назад говорили специалисты Минздрава, указывая на то, что 30-40% тестов дают ложноотрицательный результат. В частности, тогда считалось, что в большей части случаев на это влияют ошибки при заборе материала и качество самого теста.
Тем не менее существует и другое обоснование. По словам заместителя директора по клинико-аналитической работе ЦНИИ эпидемиологии Роспотребнадзора профессора Натальи Пшеничной, на результате анализа сказывается период заболевания, в который заболевший сдает ПЦР-тест. На ранних стадиях болезни получить положительный результат значительно выше.
«После четвертого-пятого дня болезни вероятность обнаружить вирус в носоглотке снижается, а респираторные симптомы могут быть в это время в самом разгаре. Если проводить тестирование в эти сроки, то можно получить отрицательный результат», — приводит слова специалиста РИА «Новости».
Общую картину по тестированию на COVID-19 также дополняет тот факт, что среди новых заболевших появляются и вакцинированные люди, но они при этом выделяют вирус в меньшем количестве и не такое продолжительное время, констатировала замдиректора Московского научно-исследовательского института эпидемиологии и микробиологии имени Г. Н. Габричевского Татьяна Руженцова.
Однако сомнительный или ложный результат может давать любая тестовая система. Эксперты неоднократно выражали мнение, что ложные результаты на коронавирус связаны связаны как с ошибками медработников, так и пациентов. Иными словами, речь идет о несоблюдении правил и рекомендаций по тестированию.
Еще одну версию выдвигал директор Института медицинской паразитологии, тропических и трансмиссивных заболеваний Сеченовского университета Александр Лукашев. Газете «Известия» он рассказывал, что COVID-19 — специфический вирус в том плане, что его можно не обнаружить в доступном биоматериале. Если другие коронавирусы размножаются в носоглотке и ротоглотке, где их можно легко найти, то SARS-CoV-2 у значительной части больных присутствует только в бронхах.
Согласно данным Всемирной организации здравоохранения, точность ПЦР-тестов на коронавирус, несмотря на их неоднозначную оценку, составляет 95%.
Вместе с этим в ВОЗ подчеркивают, что на результаты тестирования влияет очень много факторов. Это касается и процесса забора материала, и транспортировки, и хранения биоматериалов. Важно и то, правильно ли подготовлен пациент к сдаче анализа и проверена ли тест-система в конкретной лаборатории.
Статистические тесты в R. Часть 1: Бинарная классификация
Доброго времени суток. Хочу поделиться своими знаниями о работе со статистикой в R.
Многим из нас приходится сталкиваться с различными данными на работе и в повседневной жизни. Качественно и правильно их обработать и проанализировать не так сложно. В этой серии статей я покажу применения некоторых статистических тестов.
Заранее хочу извиниться, что часто использую английские термины, а также за возможный их некорректный перевод.
Бинарная классификация, качественные данные
Первая статья посвящена такому интересному тесту, как бинарная классификация. Это тестирование, которое состоит в проверке объектов на наличие какого-то качества. Например, диагностические тесты (манту все, наверное, делали) или обнаружение сигналов в радиолокации.
Разбирать будем на примере. Все файлы примеров можно скачать в конце статьи. Представим, что вы придумали алгоритм, который определяет присутствие человека на фотографии. Вроде все работает, вы обрадовались, но рано. Нужно ведь оценить качество вашего алгоритма. Тут и нужно использовать наш тест. Не будем сейчас задаваться вопросом о необходимом размере выборки для тестирования. Скажем, что вы взяли 30 фотографий, собственноручно занесли в экселевский файл есть ли на них человек или нет, а затем прогнали через свой алгоритм. В итоге мы получили такую таблицу:
Сохраняем сразу ее в csv, чтобы не напрягаться с чтением xls (это возможно в R, но не из коробки).
Теперь немного теории. По результатам теста составляется следующая таблица.
Важные параметры
Априорная вероятность:
Чувствительность (Sensitivity). P(T+|H+). Вероятность, что человек будет обнаружен.
Se = 14/16
Специфичность (Specificity), в других тестах часто называется мощностью (Power). P(T-|H-). Вероятность того, что при отсутствии человека, результат тест отрицательный.
Sp = 10/14
Отношение правдоподобия (Likelihood quotient). Важная характеристика для оценки теста. Состоит из 2-х значений.
В литературе тест считается хорошим, если LR+ и LR- больше 3 (относится к медицинским тестам).
Апостериорная вероятность: положительное и отрицательное предсказательное значение (positive and negative predictive value). Вероятность, что результат теста (положительный или отрицательный) верен.
PV+ = 14/18
PV- = 10/12
Также существуют такие понятия, как ошибка первого рода (1 — Se) и ошибка второго рода (1 — Sp). По сути эквивалентны sensitivity и specificity.
Теперь в R
Для начала загрузка данных.
В двух последних строчках мы присвоили вместо 0 и 1 ярлыки. Необходимо это сделать, т.к. иначе R будет работать с нашими даннами как с числами.
Таблицу можно вывести следующим образом:
Данная таблица неплохая, но существует пакет prettyR, который сделает практически все за нас. Для того, чтобы установить пакет, в дефолтном R gui нужно в packages нажать install packages и набрать имя пакета.
Используем библиотеку. Для разнообразия мы выведем результат в html, т.к. у меня в RStudio таблицы отображаются немного некорректно (если знаете как пофиксить — пишите).
Разберем, что там написано.
Таким образом, мы получаем количественные характеристики работы нашего алгоритма. Заметим, что LR+, который на таблице обозначен как odds ratio больше 3-х. Также обратим внимание на параметры описанные выше. Как правило, основной интерес должен представлять PV+ и Se, т.к. ложная тревога это дополнительные затраты, а необнаружение может привести к фатальным последствиям.
Бинарная классификация, количественные данные
А что если наши данные являются количественными? Это может быть, например, параметр, по которому предыдущий алгоритм выносит решение (скажем, количество пикселей цвета кожи). Ради интереса, давайте рассмотрим работу алгоритма, который блокирует спамеров.
Вы создатель новой социальной сети, и пытаетесь бороться со спамерами. Спамеры посылают большое количество писем, поэтому самое простое — блокировать их после превышения некоторого порога сообщений. Только как его выбрать? Берем выборку из опять 30 пользователей. Узнаем, являются ли они роботами, считываем количество сообщений и получаем:
Совсем чуть-чуть теории. После выбора порога, мы делим выборку на 2 части и получаем таблицу из 1-го примера. Естественно, наша задача выбрать лучший порог. Однозначного алгоритма нет, т.к. в каждом реальном примере sensitivity и specificity играют разную роль. Однако, есть метод, который помогают принять решение, а также оценивают тест в целом. Этот метод называется ROC-curve, кривая “рабочей характерики приемника”, используемый изначально в радиолокации. Построим ее в R.
Для начала установим пакет ROCR (с ним установятся пакеты gtools, gplots и gdata, если у вас их нет).
Опять загрузка данных.
Теперь строим кривую.
На этом графике по оси y находится sensitivity, а по x (1 — specificity). Очевидно, что для хорошего теста нужно максимизировать и sensitivity и specificity. Неизвестно лишь в какой пропорции. Если оба параметра равнозначны, то можно искать точку, наиболее удаленную от бисектрисы. Кстати, в R есть возможность сделать этот график более наглядным, добавив точки среза.
Вот так гораздо лучше. Мы видим, что наиболее удаленные от биссектрисы точки, это 40 и 60. Кстати, о биссектрисе и площади под кривой, которую мы подсчитали. Биссектриса — тест дурака, т.е. 50 на 50. Хороший тест должен иметь площадь под кривой, превышающую площадь 0.5, т.е. площадь под биссектрисой. Желательно сильно превышать, но никак уж не быть меньше, т.к. в этом случае лучше тыкать наугад, чем пользоваться нашим методом.
Итоги
В данной статье, я описал как работать с бинарной классификацией в R. Как видите, ситуации, где их применить, можно встретить в обычной жизни. Основные характеристики таких тестов: sensivity, specificity, likelihood rate и predictive value. Они связаны между собой и показывают эффективность теста с разных сторон. В случае количественных данных их можно регулировать с помощью выбора точки среза. Для этого можно использовать ROC-curve. Выбор осуществляется отдельно в каждом случае с учетом требований к тесту, но как правило sensitivity важнее.
В следующих статьях речь пойдет об анализе качественных и количественных данных, t-тесте, хи-квадрат тесте и многом другом.
Спасибо за внимание. Надеюсь, вам понравилось!
III. Бинарные тесты
1. Крупная феодальная собственность формировалась за счёт бенефиций и аллода. а) да, б) нет.
2. Прекарий – это наследственное владение замлёй. а) да, б) нет.
3. Внеэкономическое принуждение осуществлялось с помощью личной зависимости. а) да, б) нет.
4. Иммунитетные права феодалов фактически закрепляли внеэкономическое прину-ждение крестьян. а) да, б) нет.
5. Твёрдо установленный размер феодальной ренты ограничивал свободу крестьян при ведении собственного хозяйства. а) да, б) нет.
6. Аграрная экономика при феодализме осуществлялась с помощью интенсивных методов. а) да, б) нет.
7. На заре феодализма 1 км 2 самой благоприятной зоны лесостепи мог прокормить 20 членов родовой общины. а) да, б) нет.
Зубарева Т.С. «История экономики» ч. 2.
8. Урожайность сельскохозяйственных культур при феодализме превышала её в Древнем Египте. а) да, б) нет.
9. Человек, проживший 1 год и 1 день в городе, считался свободным. а) да, б) нет.
10. Во Франции принимали указы об ограничении щегольства состоятельных граж-дан. а) да, б) нет.
11. Цеховая система, в основном, функционировала в текстильной производстве. а) да, б) нет.
12. Производить продукцию дешевле и снижать цены – это принципы цеховой систе-мы. а) да, б) нет.
13. В Италии внецеховое ремесло преследовалось. а) да, б) нет.
14. «Замыкание цехов». являлось положительным результатом цеховой системы а) да, б) нет.
15. «Свободное ремесло» функционировало в городах Южной Франции. а) да, б) нет.
16. Бюргером считали того, кто был лично свободным. а) да, б) нет.
17. «Золотой кладовой» Европы считали Италию. а) да, б) нет.
18. Первая морская карта появилась в Венеции. а) да, б) нет.
19. Фаянс изобрели в Германии. а) да, б) нет.
20. Вывоз зерна был запрещён Ватиканом. а) да, б) нет.
21. Перец выполнял роль международного эквивалента. а) да, б) нет.
22. Ярмарки в Шампани и Бри XII-XIII не имели конкурентов. а) да, б) нет.
23. «Великим средством безналичности» называли чек. а) да, б) нет.
24. Первые банки появились в Генуе. а) да, б) нет.
25. Наибольшее распространение наёмный труд получил в XIII в.. а) да, б) нет.
26. По численности правящий класс при феодализме составлял менее 5 %. а) да, б) нет.
27. Институт крепостного права в Западной Европе стал исчезать с XII в. а) да, б) нет.
28. Серваж практиковали в Испании. а) да, б) нет.
29. Вилланы во Франции могли обращаться в королевский суд. а) да, б) нет.
30. В гильдии предусматривалось наказание для тех, кто продавал товар дешевле. а) да, б) нет.
31. Социальное различие между ремесленниками в гильдии в Англии в первой поло-вине XIV в были значительны. а) да, б) нет.
Зубарева Т.С. «История экономики» ч. 2.
32. «Величайшим изобретением». на суше стали семейные компании а) да, б) нет.
33. Цензиву практиковали во Франции. а) да, б) нет.
34. Переходы из одного сословия в другое были чрезвычайно затруднены. а) да, б) нет.
35. Рентный фонд предполагал, что феодал за службу получал не земельные участки, а ренту с них.. а) да, б) нет.
36. Гайды существовали в Англии. а) да, б) нет.
37. Боклэнд представлял собой королевскую землю, право сбора с которой предостав-лялось определённому феодалу.. а) да, б) нет.
38. Наследники копигольдеров могли использовать их землю только выплате файна. а) да, б) нет.
39. В «держателей по обычаю» малых земель превращались сервы. а) да, б) нет.
40. Арендаторов маноров называли фермерами. а) да, б) нет.
41. Для Англии было характерно расширение домениального хозяйства в середине XIV в. а) да, б) нет.
42. Исключительно наёмный труд использовали в хозяйстве джентри. а) да, б) нет.
Из какого теста: зачем проверять антитела и как делать это правильно
Для чего сдают тесты на антитела?
Тесты выполняются на наличие антител (иммуноглобулинов) IgA, IgM и IgG.
— Антитела IgG начинают вырабатываться примерно через 10-14 дней после появления симптомов. Их появление указывает на то, что у человека сформировался долговременный иммунитет. То есть речь идет либо о поздней фазе заболевания, когда больной уже выздоравливает, либо о том, что человек переболел COVID-19 раньше.
Какой тест можно сделать перед прививкой?
Сейчас тесты на антитела IgG чаще всего выполняют люди, которые собираются пройти вакцинацию, чтобы убедиться, что они не перенесли COVID-19 раньше бессимптомно и у них нет иммунитета, полученного естественным путем. Если тест показывает положительный титр антител IgG, вакцинацию можно отложить.
А если человек хочет проверить уровень антител после прививки? Сейчас многие сравнивают свои показатели.
Надо понимать, что тесты, которые используют в лабораториях, разные и шкалы у них используются тоже разные. Поэтому если пытаться сравнивать результаты (хотя большого смысла в этом нет), то надо по меньшей мере быть уверенным, что вы выполняли тестирование одним и тем же тестом.
Что такое «коэффициент позитивности»?
При этом еще раз отмечу, что у других производителей тестов шкала может быть другой и показатели, соответственно, тоже. При этом, получая результат теста в лаборатории, вы всегда можете увидеть на бланке референсные значения и сравнить результат с ними.
Каким тестом можно проверить поствакцинальный иммунитет?
Такой тест называется «Количественное определение антител к RBD домену S1 белка коронавируса (антитела IgG)» (выполняется методом хемилюминесцентного иммуноанализа сыворотки и плазмы крови, Abbot).
Это количественный анализ на IgG-антитела. Он поможет оценить иммунный ответ и в случае заражения (или перенесенного COVID-19), и для контроля поствакцинального иммунитета.
Когда делать:
— на текущую или перенесенную инфекцию не ранее чем через три недели после появления симптомов или получения положительного результата ПЦР-теста;
— для оценки поствакцинального иммунитета через три недели после второй дозы вакцины.
О чем говорят результаты:
Для чего нужно сдавать ПЦР-тест на COVID-19?
Этот тест сдается, чтобы проверить, болен ли человек или, возможно, является носителем вируса (даже если у него нет никаких симптомов нездоровья), выделяет ли он в настоящий момент вирус из верхних дыхательных путей, то есть является источником инфекции для окружающих.
Это единственный и ставший уже стандартным тест для туристов: при въезде практически все страны требуют предъявить справку о тесте, сданном перед отъездом. После возвращения из поездки тест придется сдать еще дважды и результат загрузить на портал госуслуг.
Кроме того, можно сдать ПЦР-тест, чтобы убедиться, что вы здоровы, то есть исключить бессимптомное течение заболевания. Это может понадобиться, если, например, вам предстоит встреча с пожилыми родственниками и вы не хотите рисковать их здоровьем. Кроме того, с помощью такого тестирования можно проверить, не заразились ли вы коронавирусом, если вы точно знаете, что контактировали с заболевшим.
Как правильно сдавать тесты?
Для теста ПЦР: берется мазок биоматериала со слизистой носоглотки. Анализ сдается натощак либо через три часа (или позже) после еды. За три часа до взятия мазка нельзя чистить зубы, полоскать рот, пить, жевать жевательную резинку, применять антисептические таблетки, полоскания и спреи.
Для теста на антитела: берется кровь из вены. Сдавать кровь нужно натощак утром или днем не менее чем через четыре часа после последнего приема пищи.